Nada apacible sería la gestión del doctor Luis Sáenz Peña. Pese a sus buenas intenciones y a su probidad fuera de toda discusión, lo cierto es que su arribo a la presidencia no satisfacía a los radicales, que bregaban por un cambio más profundo, ni a los jóvenes del PAN, que habían observado con interés el posible ascenso del modernista Roque Sáenz Peña. Aquéllos querían liquidar el “Régimen� y éstos deseaban remozarlo.

Don Luis formó así su primer ministerio: Manuel Quintana (Interior), Tomás de Anchorena (Relaciones Exteriores), Juan José Romero (Hacienda), Calixto de la Torre (Justicia e Instrucción Pública) y el general Benjamín Victorica (Guerra y Marina).

Romero comenzó su gestión con un informe, donde hacía saber que el mal estado de las finanzas tornaba imposible atender la gran deuda externa del país, mientras señalaba que se debía buscar una solución diferente a la utilizada hasta entonces, consistente en contraer nuevos créditos en el exterior para satisfacer los servicios de esa deuda, incrementándola. Tal informe fue muy mal recibido en Inglaterra, pese a lo cual Romero terminó por obtener con ella un acuerdo razonable.

Y pronto se iniciaron las revoluciones que los radicales promovieron durante ese período en varias provincias, hasta transformarse en una de sus características (del período y de los radicales). Revoluciones singulares, ya que no intervenían en ellas fuerzas militares sino civiles armados precariamente, reforzados acaso por algunos efectivos de las policías locales o por piquetes de bomberos. En Santiago del Estero, una de esas revoluciones volteó al gobernador durante el mes de octubre del 92. También hubo revolución en Corrientes, hacia fines de año. En junio de 1893, surgió un conflicto en Catamarca. Al compás de los sucesos, Sáenz Peña debió cambiar varias veces su gabinete.

Por sugestión de Carlos Pellegrini, en julio del 93 se convocó para integrarlo a Aristóbulo del Valle quien, dado el ambiente que se vivía, eligió para sí la cartera de Guerra. Del Valle era adversario político de Pellegrini, pero el designio de éste, al sugerir su nombramiento, consistió en incorporar al gobierno un hombre de ideas definidamente revolucionarias y por el cual los radicales sentían veneración. De ese modo, pensó Pellegrini, se eliminaría el factor caótico que implicaban las revoluciones, a cambio de aceptar algunas reformas innovadoras que Del Valle pudiera impulsar.

La combinación no funcionó, sin embargo. Por un lado, los radicales desconfiaron de Del Valle, al verlo formar parte de un ministerio del “Régimen�. Por otro, el nuevo ministro se propuso intervenir las provincias conmocionadas, remover sus autoridades y llamar a elecciones en ellas, permitiendo así el acceso de las nuevas fuerzas políticas que fermentaban en la oposición. Pero el Congreso no acompañó sus planes y bloqueó el trámite de las correspondientes leyes de intervención.

A fines de julio, estallaron revoluciones en Santa Fe y la provincia de Buenos Aires. El radical Mariano Candioti encabeza la Junta Revolucionaria que triunfa en Rosario, luego de un cruento combate con la policía, que cuesta más de 100 muertos. Hipólito Yrigoyen acampa en Temperley, al frente de 3.000 partidarios, y se apresta a marchar sobre La Plata. También se dirige a ella otra columna revolucionaria, al mando del general Luis María Campos, mitrista. El gobernador Eduardo Costa renuncia. Lo reemplaza el radical Juan Carlos Belgrano.

En agosto del 93 hay gobiernos revolucionarios en Santa Fe, Buenos Aires y San Luis. A instancias de Pellegrini, el Congreso aprueba la intervención a la provincia de Buenos Aires, que Del Valle no ha pedido esta vez. El 12 de ese mes renuncia Del Valle y con él el gabinete que conformara. Se constituye otro, que encabeza Manuel Quintana como ministro del Interior. Quintana resuelve intervenir Santa Fe y San Luis, además de Buenos Aires. Otra revolución estalla en Corrientes.

A mediados de septiembre, los radicales se apoderan del gobierno en Tucumán. Quintana ordena la represión, pero el regimiento que debe llevarla a cabo se subleva. Despacha entonces hacia allí al general Bosch, con una división. Lo acompaña Pellegrini, que es hombre de armas tomar y cuyo prestigio se estima necesario poner en juego, a fin de evitar nuevos motines. Para agravar las cosas, se levantan asimismo algunas unidades de la flota.

No obstante, poco a poco, Quintana va restableciendo el orden. Roca –el propio general– ha sido puesto al mando de las fuerzas que deben ocupar Rosario y lo hace, sin lucha, el 2 de octubre. Bosch y Pellegrini se imponen en Tucumán.

Fracasadas las revoluciones que promovió, el radicalismo entra en crisis. Algunos de sus dirigentes están presos y se producen divergencias internas. Una denuncia malévola, referida a cierta deuda que mantenía con el Banco de la Provincia de Buenos Aires, afecta profundamente a Alem y da origen a un cambio de cartas públicas entre él y Pellegrini, en septiembre de 1894. Ello se suma al fracaso político que lo agobia y a desavenencias graves con su sobrino Hipólito Yrigoyen. En julio de 1896, Alem se pega un tiro en el coche de plaza que lo lleva al Club del Progreso.

Cumplida su misión, Quintana dejó el ministerio en noviembre del 94. Lo sucede Eduardo Costa.

En enero del año siguiente, el senador Bernardo de Irigoyen presenta un proyecto de amnistía amplia para todos los implicados en las revoluciones de 1893. El presidente está conforme, pero se opone a que los militares y marinos de alta graduación se beneficien con la medida. Aparece una opción intermedia: que esos jefes cumplan una pena leve. Sáenz Peña y el gabinete aceptan la propuesta. Pero, luego, los ministros se retractan, dejando solo a don Luis. éste, cansado y con poca salud, presenta su renuncia. En un pasaje de la misma, dice que lo hace “anhelando recuperar mi tranquilidad privada, seguro de que seré más respetado como ciudadano de lo que lo he sido desde que fui investido con la autoridad suprema de la Nación�.

La dimisión de Sáenz Peña fue aceptada el 22 de enero de 1895. Ese mismo día asumió la presidencia su vice, José Evaristo Uriburu.