Esta institución, que había nacido en España hacia el siglo XIII, en tiempos de Alfonso X el Sabio, consistía en un proceso judicial de control a determinados funcionarios, que se iniciaba al término de sus funciones.

Por las enormes distancias y la complejidad de los asuntos en las nuevas tierras, se vio la conveniencia de trasladar el juicio de residencia a la organización indiana.

Eran susceptibles de juicio de residencia los virreyes, capitanes generales, gobernadores y oidores de la Audiencia y tenía por objeto enmendar las faltas que los mismos hubieran cometido durante su gestión y evitar al máximo las arbitrariedades que se pudieren cometer, sobre todo en lo referente al enriquecimiento ilícito.

El juicio era un acontecimiento público, cuyo inicio se pregonaba por toda la ciudad. El mismo constaba de dos instancias, una secreta y una pública. En la fase secreta, el juez interrogaba a los testigos sobre la conducta y la actuación del funcionario a juzgar; también estudiaba los documentos de gobierno analizando especialmente el grado de cumplimiento de las instrucciones recibidas a lo largo de su mandato, y posteriormente se levantaba un sumario secreto.

Con toda la información recabada, el magistrado daba inicio al proceso. En la parte pública, el juez otorgaba a los vecinos la posibilidad de presentar denuncias contra el enjuiciado; quien tenía la posibilidad de defenderse de las acusaciones y cargos en su contra.

En base a todo lo oído y leído durante el proceso el juez dictaba sentencia, con la sanción que, en su caso, hubiere correspondido y se remetía al Consejo de Indias para su aprobación.

Este juicio resultaba ciertamente extenso. El fallo que se dictaba no podía ser revisado, ni aun por el Consejo de Indias; las sanciones eran variadas, aunque frecuentemente consistían en multas, a las que podía agregarse la inhabilitación por cierto tiempo para ejercer cargos públicos, que en casos de extrema gravedad llegaba a ser perpetua.

Todos los virreyes debían pasar por el juicio de residencia antes de que tomara posesión del cargo su sucesor, pero a partir del siglo XVIII estos juicios se realizaban una vez que virrey hubiere regresado a España.