Derqui se ha quedado sin sustento para su investidura y parte hacia Montevideo en el “Ardent�, un buque inglés. Pedernera queda a cargo del gobierno de la Confederación. Pide órdenes a Urquiza y le solicita un borrador de decreto, destinado a traspasarle los poderes presidenciales lo antes posible. El borrador pedido tarda en llegar. Y Mitre envía al doctor Martín Ruiz Moreno para negociar con el jefe entrerriano.

En la noche del 22 de noviembre del 61, un cuerpo porteño a las órdenes del general Flores cae sobre la fracción del ejército federal que quedara estacionada en Cañada de Gómez, junto al río Carcarañá, aniquilándola y degollando indiscriminadamente a los vencidos.

Urquiza está cansado y su interés parece reducido a velar por sus bienes personales, que son cuantiosos, recluido en el feudo mesopotámico donde es amo y señor. Aunque conserva fuerzas poderosas y sus oficiales claman por volver a la pelea, instruye a la Legislatura local para que acepte las condiciones de Mitre. éste despacha tropas, a fin de establecer gobiernos afines a su política en las distintas provincias. El 24 de diciembre de 1861, Murature toma posesión de la escuadra federal en Paraná.

En marzo de 1862 las provincias han reasumido su soberanía, delegando en Mitre el ejercicio del Poder Ejecutivo nacional y facultándolo para convocar el Congreso.

El 4 de septiembre de 1862, los electores previamente elegidos se reunieron en las capitales de provincia, para votar quién sería presidente de la Nación. El general Mitre es designado por unanimidad, recayendo la vicepresidencia en el doctor Marcos Paz. El 12 de octubre, ocuparon sus altos cargos.