El 1 de septiembre de 1867, Mitre reasume el comando de las fuerzas coaligadas, en Tuyutí. Allí dan los paraguayos un golpe de mano, el 3 de noviembre, apoderándose de armas y pertrechos antes de retirarse.
A principios de 1868 (2 de enero), muere en Buenos Aires el vicepresidente Marcos Paz, a cargo del gobierno en ausencia de Mitre, lo cual determina que éste deba desempeñar nuevamente sus funciones presidenciales, dejando el campo de batalla.
El 12 de enero, la escuadra imperial fuerza el paso frente a Humaytá y continúa río arriba, rumbo a Asunción. Los paraguayos se repliegan dejando 3.000 hombres en la fortaleza, que es tomada por el mariscal brasilero Osorio el 24 de julio.
Los buques bombardean Asunción. Se trama allí una conjura contra López, para dar fin a la guerra. Descubierta, éste aplica castigos extremos. Hace fusilar a su hermano Benigno, a sus cuñados, al obispo Palacios, a su ministro Borges, a conjurados y encubridores. Su madre y sus hermanas son azotadas, para hacerlas confesar. El general Barrios, implicado, se suicidó cortándose la garganta.
La línea de defensa paraguaya está en Lomas Valentinas, camino de la capital. Durante 6 días (21 al 27 de diciembre de 1868), se combate en ese lugar. López lo hace mezclado con los soldados, entre los que se cuentan muchos chicos. Aniquiladas sus tropas, se retira hacia Cerro León, seguido por un puñado de hombres.
El 5 de enero de 1869, los brasileros toman Asunción y la saquean. Los argentinos se abstienen de entrar, acampando en las afueras. La ciudad está desierta, pues sus pobladores se han marchado para reunirse con López. Durante 7 meses, el pueblo del Paraguay sigue al mariscal en una retirada interminable, jalonada por derrotas.
Esa caravana fantasmal está en Cerro Corá, el 1 de marzo de
Comanda la última embestida el general imperial Cámara y el indómito jefe paraguayo muere peleando.
