Chile mantenía pendientes viejas querellas con Bolivia respecto al desierto de Atacama, disputado por ambas y que había cobrado importancia a raíz de su riqueza minera. Por un tratado se procuró zanjar la cuestión pero, en una cláusula del mismo, figuraban franquicias impositivas para las compañías chilenas radicadas en la zona, que Chile consideró vulneradas por un gravamen, creado por los bolivianos sobre las exportaciones. Luego de reclamos, respuestas y rechazos, las tropas chilenas ocuparon la ciudad de Antofagasta, en territorio de Bolivia, promediando 1879. Perú estaba aliado con ésta mediante un pacto secreto, de manera que intervino en la contienda, conocida como “Guerra del Pacífico”.

Fue una lucha sangrienta, terrestre y naval. Las simpatías e intereses argentinos se inclinaban hacia el lado de la alianza peruano-boliviana. Hasta el punto que Roque Sáenz Peña, quien llegaría a ser presidente de la República, combatió en las filas peruanas, alcanzando el grado de teniente coronel y batiéndose con bravura en la defensa del Morro de Arica. A comienzos de 1881, los chilenos tomaron Lima y todo el litoral peruano, como ya habían hecho con el de Bolivia.

Nuestro país también había suscripto con Chile un tratado de límites, en 1877. Pero la demarcación consiguiente hallaba serios tropiezos en la práctica, agravados por los vientos triunfales que corrían del otro lado de la cordillera, con motivo de los éxitos alcanzados en la Guerra del Pacífico. Esto creó una difícil situación internacional al gobierno de Roca, no obstante lo cual se firmó un nuevo tratado, en julio de 1881. Mediante el mismo, se cedió el Estrecho de Magallanes, obteniéndose en cambio la renuncia chilena a sus pretensiones sobre la Patagonia.