El tratado de límites suscripto en 1881, establecía que la frontera correría por las “altas cumbres” andinas “que dividen aguas”. La Argentina entendió que era un modo de referirse a aquéllas que constituían la llamada “Cordillera Nevada” desde las épocas coloniales. El perito chileno, Barros Arana, sostuvo en cambio que aludía al divortium aquarum (separación de aguas). Y la divergencia tenía importancia decisiva pues, así como al norte del paralelo 40 las altas cumbres dividen aguas, eso no ocurre al sur de ese paralelo, donde el divorcio se produce al este de la línea formada por los picos más elevados. Optar por uno u otro criterio significaba una diferencia de 94.000 kilómetros cuadrados que, así, quedaban en disputa.
También existía controversia sobre parte de la Puna de Atacama, por la cual habían combatido Chile y Bolivia en la Guerra del Pacífico. Ocurría pues que, antes de la guerra, Bolivia había cedido un sector de ella a la Argentina, recibiendo por su parte la ciudad de Tarija. Y Chile desconocía la cesión.
En marzo de 1893 se firmó un protocolo adicional al tratado de 1881, mediante el que se separaron ambos problemas: una comisión mixta se reuniría para resolver el de Atacama y, respecto al otro, se aclaró que la línea fronteriza correría por “el encadenamiento principal de los Andes”. Fórmula ésta que aparentemente favorecía nuestra tesis, pero que tampoco resultaba definitivamente clara.
Llegado el momento de establecer la frontera patagónica, los desacuerdos entre Barros Arana y el perito argentino Francisco P. Moreno fueron tales, que se suspendieron los trabajos y los gobiernos sometieron el caso al arbitraje de la corona británica.
Tensas las relaciones con Santiago, los argentinos advirtieron que eran superados ampliamente en el terreno militar, sobre todo desde el punto de vista naval. Contaba Chile con un ejército fogueado en la Guerra del Pacífico, adiestrado por instructores alemanes y con moderno armamento germano. Su armada poseía 7 acorazados y otras tantas torpederas. Las fuerzas terrestres argentinas tenían un equipo obsoleto y actuaban conforme a tácticas francesas, ya superadas. En cuanto a nuestra flota, se reducía a 6 buques de escaso porte, el mayor de los cuales era un crucero de 4.740 toneladas (el acorazado chileno “Esmeralda” desplazaba 7.900). Dada la situación expuesta, Uriburu inició una política tendiente a equilibrar las cosas con la mayor rapidez posible. Se mejoraron y ampliaron fortificaciones, apostaderos y arsenales; se tendió un ferrocarril a Neuquén, con fines militares; se contrató en Italia la construcción de un acorazado y se adquirió la fragata “Sarmiento”. Para aumentar los efectivos se convocó, por primera vez, a 20.000 conscriptos que, junto con 1.800 oficiales, acamparon en las sierras de Curumalal con el objeto de recibir instrucción.
Chile no se quedó atrás: compró otro acorazado (8.500 toneladas) y armas para proveer a 150.000 hombres. El presidente Uriburu respondió adquiriendo dos acorazados más (6.840 toneladas cada uno) y contratando la fabricación de un tercero, de igual tonelaje. En 1898, el poderío militar y naval de ambos países se aproximó al equilibrio.