Sofocadas tales turbulencias, Mitre inicia una gestión progresista, en virtud de la cual se dictan varios códigos, se fundan poblaciones, se fomenta la inmigración, se facilita la instalación de Bancos y el tendido de vías férreas.

El temible ángel de la guerra revolotea siempre, sin embargo, cerca de Mitre. Venancio Flores –del partido “colorado�–, ha partido de la Argentina el 19 de abril de 1863, iniciando una contienda civil en el Uruguay, donde gobierna el presidente Bernardo Prudencio Berro, del partido “blanco�. Los federales en general y los entrerrianos en particular se ponen del lado de Berro. Urquiza se mantiene hermético. Los orientales, tradicionalmente corajudos, libran fieros combates entre sí.

Desde Buenos Aires se presta ayuda a Flores, que también recibe apoyo del Brasil. Berro lo pide al Paraguay, gobernado por el mariscal Francisco Solano López, hijo de Carlos Antonio. El 6 de septiembre de 1863, Paraguay pide “amistosas explicaciones� al gobierno argentino, por su interferencia en cuestiones internas del Uruguay. Elizalde, ministro de Mitre, niega categóricamente los cargos. López no considera satisfactoria la negativa y envía una carta a Mitre, puntualizando los hechos que le atribuye. Mitre responde diciendo no comprender cómo López se puede hacer eco de tales infundios.

En el Uruguay expira el mandato de Berro y, dado que la guerra no permite realizar elecciones, lo sucede en el cargo Atanasio de la Cruz Aguirre, presidente del Senado.

Paraguay practica una política proteccionista de sus industrias y la presencia del Estado es muy activa en su economía, lo cual contraría los intereses británicos. El ministro inglés en Buenos Aires, Edward Thornton, propicia una mediación argentino-brasileña en la cuestión uruguaya que, de tener éxito, favorecerá a Flores. En caso de imponerse éste en la Banda Oriental, apoyado por la Argentina y Brasil, Paraguay quedará solo y descolocado.

Luego de algunas alternativas, la mediación fracasa.

El 26 de agosto de 1864, un buque brasilero abre fuego contra el uruguayo “Villa del Salto�, que se refugia en un puerto entrerriano. El gobierno argentino dispone su expulsión y la pequeña nave es deshecha por los disparos de 3 cañoneras imperiales, pese a lo cual logra cruzar el río, depositando armas y tripulantes en Paysandú, antes que su comandante disponga incendiarla.

En virtud del incidente, Paraguay advierte al Brasil que considerará atentatoria contra el equilibrio de los Estados del Plata cualquier invasión del territorio oriental. Días después, el vapor brasileño “Marqués de Olinda� navega frente a Asunción, transportando material militar. López dispone su captura. Es el principio de la guerra entre Paraguay y Brasil, que se transformará en la conocida como “Guerra Grande� o “de la Triple Alianza�.