En los primeros días del mes de enero de 1829, finalizada la guerra con el Brasil, desde la Banda Oriental regresaba el general José María Paz. Al frente de la división que comandaba, se dirige a la provincia de Córdoba, donde se apodera del gobierno de la provincia, derrocando al gobernador Juan Bautista Bustos.
A sus planes se le van a oponer las huestes de Facundo Quiroga, comandante en armas de La Rioja. Las tropas del Gral. Paz, más disciplinadas y mejor entrenadas, lo derrotan en las batallas de La Tablada y Oncativo.
Con sus triunfos sobre el caudillo riojano logra afirmarse en el gobierno de Córdoba. Desde allí, logra por las armas, incorporar a sus planes a las provincias de La Rioja, Mendoza, Catamarca y San Luis. éstas venían a sumarse a las de Salta, Tucumán y Catamarca, que ya con anterioridad se habían plegado a su proyecto.
Bajo su influencia, en 1830, las ocho provincias firman un acuerdo por el que se crea la Liga Unitaria o Liga del Interior, formada con el objetivo de enfrentar a los caudillos federales y así lograr constituir al país bajo el sistema unitario. El acuerdo le otorgaba al Gral. Paz el Supremo Poder Militar con facultades extraordinarias -la jefatura del ejército, formado por todas las provincias de la Liga- y la facultad de intervenir en cualquiera de sus territorios para mantener su integridad y el orden interno.
La Liga Unitaria significaba un abierto desafío a los federales del litoral. Para entonces, Juan Manuel de Rosas había sido elegido Gobernador de Buenos Aires, y en rechazo de las acciones comandadas desde Córdoba, firmaba con los gobernadores del litoral el “Pacto federal” que comprometía a las provincias de Santa Fe, Entre Ríos y Buenos Aires en una alianza ofensiva y defensiva contra la Liga Unitaria. En virtud de este pacto, el gobernador de Santa Fe, Estanislao López fue declarado Comandante en jefe del Ejército Conjunto, declarándosele la guerra a la los unitarios comandados por el Gral. Paz.
Los federales en ataques combinados a distintas provincias fueron derrocando uno a uno a los gobernadores de la Liga Unitaria. Finalmente Paz, al verse rodeado de enemigos, se dirige a atacar a Estanislao López, pero el destino le juega una mala pasada cuando en un reconocimiento del campo para determinar las posiciones enemigas, fue divisado por una partida federal, y cuando trataba de escapar de su alcance, un tiro de boleadoras derribó su caballo, siendo apresado. López ordenó conducirlo hasta la ciudad de Santa Fe, donde permaneció hasta 1835, siendo luego conducido a la ciudad de Buenos Aires.
La prisión del Gral. Paz fue un hecho inesperado que terminó con la Liga del Interior, pero la resistencia de los unitarios contra los federales continuó durante todo el segundo gobierno de Rosas.
Hacia el año 1839, Rosas restituyó a Paz sus sueldos y lo reincorporó a su actividad, pero hacia 1840 huyó a Colonia y desde allí pasó a Corrientes donde se incorporó a las fuerzas que combatían contra la Confederación Argentina.
