A fines de 1965, Illia comete un grave error. Acaso alarmado por el ascenso de la estrella del comandante en jefe, al que algún diario extranjero señala ya como “el hombre fuerte de la Argentina�, no lo respalda en la disidencia que plantea, respecto al nombramiento del general Castro Sánchez como secretario de Guerra. Y Onganía declina su cargo, pasando a retiro. Queda así desligado de la obligación que se ha impuesto de defender la estabilidad del gobierno y consolidar la verticalidad del mando. Lo sucede el general Pascual Pistarini, que le es afín.

Una revolución se intuye como inminente en la Argentina. Diversos síntomas la anticipan y es aguardada por la población casi como un hecho inevitable de la naturaleza, que se prevé auspicioso.

El 24 de mayo de 1966, en una revista se informa que, según Perón, habrá aquí un golpe militar entre “junio y agosto�. El 23 de junio, Frondizi pronostica a la prensa extranjera que se producirá una “revolución nacional� ese año, la cual irá mucho más allá que un mero golpe de Estado.

La profecía de Frondizi apenas si es tal. Pues ya están en marcha los sucesos que pondrán fin a la gestión de Illia. El 26 de mayo, en el discurso pronunciado con motivo del Día del Ejército, Pistarini formula severas críticas al gobierno, no siendo sancionado por ello. El 1º de junio es relevado el director de la Escuela de Defensa Nacional, brigadier Hugo Martínez Zuviría, acentuando esta decisión oficial el malestar latente en los cuadros. El 27 de ese mes, Pistarini releva por su parte al general Caro, oficialista. Acto seguido, dispone tomar el control de radios y estaciones emisoras de TV. Desconoce luego, mediante un radiograma, la autoridad del secretario de Guerra, Castro Sánchez, acuartela sus tropas y, hacia medianoche, las despliega para ocupar posiciones estratégicas.

Illia releva a Pistarini. Como respuesta, los militares exigen la renuncia de Illia. éste rechaza tal exigencia y se encierra en su despacho de la Casa Rosada, rodeado por algunos pocos partidarios. A las 7 de la mañana del 28 de junio, el general Julio Alsogaray reitera personalmente la intimación, sin éxito. Lo hace más tarde el coronel Perlinger y tampoco es oído. Dada la actitud del presidente, una sección de la policía, provista con pistolas lanzagases, se apresta a desalojarlo. Illia se retira finalmente, insultando a quienes lo expulsan.

Al otro día, 29 de junio, ante los miembros de una Junta Militar que forman el general Pistarini, el almirante Benigno Varela y el brigadier Teodoro Alvarez, jura como presidente de la Nación el general Juan Carlos Onganía. Comienza así la llamada “Revolución Argentina�.